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zzy 8e955d10b2 | 1 year ago | |
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.idea | 1 year ago | |
3D-Unet | 1 year ago | |
HighResnet | 1 year ago | |
MedicalNet-master | 1 year ago | |
Resnet3D | 1 year ago | |
SkipDenseNet3D | 1 year ago | |
Swin-Unet-main | 1 year ago | |
ckpt_2 | 1 year ago | |
data | 1 year ago | |
data2 | 1 year ago | |
images | 1 year ago | |
maskRCNN | 1 year ago | |
src | 1 year ago | |
unet | 1 year ago | |
utils | 1 year ago | |
vnet | 1 year ago | |
LOL_prepare_data.ipynb | 1 year ago | |
License | 1 year ago | |
Prepare_ISIC2018.py | 1 year ago | |
Prepare_data.py | 1 year ago | |
README.md | 1 year ago | |
Reza_functions.py | 1 year ago | |
Swin-Unet.pdf | 1 year ago | |
U-Net医学图像分割算法课件.PPTX | 1 year ago | |
U-net.docx | 1 year ago | |
U-net.ipynb | 1 year ago | |
U-net_NPU.ipynb | 1 year ago | |
case7_u-net.ipynb | 1 year ago | |
esDO-UNETR.pdf | 1 year ago | |
evaluate.py | 1 year ago | |
evaluate_performance.py | 1 year ago | |
main.py | 1 year ago | |
model.py | 1 year ago | |
models.py | 1 year ago | |
train_isic18.py | 1 year ago | |
train_lung.py | 1 year ago | |
实验指导书_U-Net医学图像分割.docx | 1 year ago |
Kaggle开源数据集Brain MRI segmentation (https://www.kaggle.com/datasets/mateuszbuda/lgg-mri-segmentation)
预处理后,数据集大小:20M
下载如下3个文件到当前目录的data文件夹下:
volume.tif
labels.tif
test.tif
testlabel.tif
从课程gitee仓库上下载本实验相关脚本。将脚本和数据集组织为如下形式:
unet
├── data
│ ├── test.tif
│ ├── labels.tif
│ ├── testlabel.tif
│ └── volume.tif
├── src
│ ├── config.py
│ ├── data_loader.py
│ ├── loss.py
│ ├── utils.py
│ └── unet
│ ├── __init__.py
│ ├── unet_model.py
│ └── unet_parts.py
├── main.py
└── README.md
使用ModelArts训练作业/Notebook时,需要使用华为云OBS存储实验脚本和数据集,可以参考快速通过OBS控制台上传下载文件了解使用OBS创建桶、上传文件、下载文件的使用方法(下文给出了操作步骤)。
提示: 华为云新用户使用OBS时通常需要创建和配置“访问密钥”,可以在使用OBS时根据提示完成创建和配置。也可以参考获取访问密钥并完成ModelArts全局配置获取并配置访问密钥。
打开OBS控制台,点击右上角的“创建桶”按钮进入桶配置页面,创建OBS桶的参考配置如下:
点击新建的OBS桶名,再打开“对象”标签页,通过“上传对象”、“新建文件夹”等功能,将脚本和数据集上传到OBS桶中。上传文件后,查看页面底部的“任务管理”状态栏(正在运行、已完成、失败),确保文件均上传完成。若失败请:
ModelArts提供了训练作业服务,训练作业资源池大,且具有作业排队等功能,适合大规模并发使用。使用训练作业时,如果有修改代码和调试的需求,有如下三个方案:
在本地修改代码后重新上传;
使用PyCharm ToolKit配置一个本地Pycharm+ModelArts的开发环境,便于上传代码、提交训练作业和获取训练日志。
在ModelArts上创建Notebook,然后设置Sync OBS功能,可以在线修改代码并自动同步到OBS中。因为只用Notebook来编辑代码,所以创建CPU类型最低规格的Notebook就行。
创建训练作业时,运行参数会通过脚本传参的方式输入给脚本代码,脚本必须解析传参才能在代码中使用相应参数。如data_url和train_url,分别对应数据存储路径(OBS路径)和训练输出路径(OBS路径)。脚本对传参进行解析后赋值到args
变量里,在后续代码里可以使用。
import argparse
parser = argparse.ArgumentParser(description='UNET')
parser.add_argument('--data_url', required=True, help='Location of data.')
parser.add_argument('--train_url', required=True, default=None, help='Location of training outputs.')
args_opt = parser.parse_args()
MindSpore暂时没有提供直接访问OBS数据的接口,需要通过ModelArts自带的moxing框架与OBS交互。拷贝自己账户下或他人共享的OBS桶内的数据集至执行容器。
import moxing as mox
# src_url形如's3://OBS/PATH',为OBS桶中数据集的路径,dst_url为执行容器中的路径
mox.file.copy_parallel(src_url=args_opt.data_url, dst_url='./data')
可以参考使用常用框架训练模型来创建并启动训练作业(下文给出了操作步骤)。
打开ModelArts控制台-训练管理-训练作业,点击“创建”按钮进入训练作业配置页面,创建训练作业的参考配置:
main.py
启动并查看训练过程:
ModelArts Notebook资源池较小,且每个运行中的Notebook会一直占用Device资源不释放,不适合大规模并发使用(不使用时需停止实例,以释放资源)。
可以参考创建并打开Notebook来创建并打开Notebook(下文给出了操作步骤)。
打开ModelArts控制台-开发环境-Notebook,点击“创建”按钮进入Notebook配置页面,创建Notebook的参考配置:
注意:
- 在Jupyter Notebook/JupyterLab文件列表里,展示的是关联的OBS桶里的文件,并不在当前Notebook工作环境(容器)中,Notebook中的代码无法直接访问这些文件。
- 打开Notebook前,选中文件列表里的所有文件/文件夹(实验脚本和数据集),并点击列表上方的“Sync OBS”按钮,使OBS桶中的所有文件同时同步到Notebook执行容器中,这样Notebook中的代码才能访问数据集。
- 使用Notebook时,可参考与OBS同步文件;
- 使用JupyterLab时,可参考与OBS同步文件。
- 同步文件的大小和数量超过限制时,请参考MoXing常用操作示例中的拷贝操作,将大文件(如数据集)拷贝到Notebook容器中。
- Notebook/JupyterLab文件列表页面的“Upload/上传”功能,会将文件上传至OBS桶中,而不是Notebook执行容器中,仍需额外同步/拷贝。
- 在Notebook里通过代码/命令(如
wget, git
、pythonurllib, requests
等)获取的文件,存在于Notebook执行容器中,但不会显示在文件列表里。- 每个Notebook实例仅被分配了1个Device,如果在一个实例中打开多个Notebook页面(即多个进程),运行其中一个页面上的MindSpore代码时,请关闭其他页面的kernel,否则会出现Device被占用的错误。
- Notebook运行中一直处于计费状态,不使用时,在Notebook控制台页面点击实例右侧的“停止”,以停止计费。停止后,Notebook里的内容不会丢失(已同步至OBS)。下次需要使用时,点击实例右侧的“启动”即可。可参考启动或停止Notebook实例。
打开Notebook后,选择MindSpore环境作为Kernel。
提示:
- 上述数据集和脚本的准备工作也可以在Notebook环境中完成,在Jupyter Notebook文件列表页面,点击右上角的"New"->"Terminal",进入Notebook环境所在终端,进入
work
目录,可以使用常用的linux shell命令,如wget, gzip, tar, mkdir, mv
等,完成数据集和脚本的下载和准备。- 可将如下每段代码拷贝到Notebook代码框/Cell中,从上至下阅读提示并执行代码框进行体验。代码框执行过程中左侧呈现[*],代码框执行完毕后左侧呈现如[1],[2]等。请等上一个代码框执行完毕后再执行下一个代码框。
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